this is my fingers..
no body else whose can stop my walk,.my dreams is so high (actually as my neighbour roof)..let me seee !
Saturday, April 20, 2013
Monday, March 18, 2013
the LiL me in The Big Big WorLd :)
Bismillahirahmannirahim
Memang benar, tidak bisa menilai
seseorang dari luarnya saja. Jika kita mau mengenalnya dengan lebih dekat,
mengenal siapa dirinya dan keluarganya, bagaimana latar belakang kehidupan yang
sebenarnya,bagaimana perjuangan
hidupnya, baru kita berhak menilai seperti apa dia sebenarnya J
Proposal Hidupku…
Tapi sebelumnya , selayaknya proposal
pada umumnya akan saya mulai dengan BAB I berisi Latar Belakang J
“kalau untuk bikin acara yang digelar
satu dua hari seperti ini saja kita butuh sebuah proposal, mengapa untuk hidup
kita yang berjalan puluhan tahun kita tidak membuat sebuah proposal ?” kutipan
dalam buku inilah yang membuat saya benar- benar tersentak bahwa saya harus
membuat proposal hidup. Bagi saya proposal hidup penting karena dengan begitu
arah dan tujuan hidup saya semakin jelas, prestasi yang ingin saya capai
semakin terarah sehingga kelak dapat saya pertanggungjawabkan pada Allah dapat
dengan mudah saya uraikan. Proposal hidup ini ibarat peta.
Selain itu, keinginan saya membuat
proposal hidup karena adanya riset yang dilakukan terhadap para lulusan MBA di
Harvard Bussines School. Riset dilakukan antara tahun 1979 dan 1989. Pada tahun
1979, para lulusan MBA tersebut ditanya ‘apakah anda telah menyusun suatu
rencana hidup yang jelas, spesifik dan tertulis ?’ Hasilnya, 3% menyatakan
telah memiliki rencana hidup yang jelas, spesifik dan tertulis. 13% menyatakan
telah memiliki rencana hidup yang jelas, spesifik tetapi tidak tertulis.
Sisaya, 84% menyatakan belum memiliki apa belum memiliki apalagi menyusun
rencana hidup. Sepuluh tahun kemudian, 1989, periset yang dipimpin oleh Mark
McCormark melakukan wawancara dengan semua responden pada tahun 1979. Hasilnya,
luar biasa, 3 % para lulusan yang telah memiliki rencana hidup yang jelas,
spesifik dan tertulis memiliki pengahasilan 10 kali lipat dibandingkan 97 %
lulusan dari sekolah bisnis tersebut.
Menyadari
Bahwa saya adalah masterpiece
Saya Dhora Vasminingtya adalah special. Saya juga sangat special Karena saya
berbeda dengan siapapun di muka bumi ini. Saya
terlahir 9 Agustus 1992. Saya lahir di kota Ponorogo. Ayah saya Hadi Soeminto.
Ibu saya Wasini. Walau Ayah saya hanya seorang guru SD dan juga ibu saya guru
SD di sebuah desa pelosok Jawa Timur tapi mereka adalah guru kehidupan terbaik
bagi saya
Masa kecil saya lalui dengan sangat
indah dan penuh petualangan. Sebelum usia 10 tahun saya sudah naik kapal laut
selama 4 jam antara pelabuhan merak (banten) – pelabuhan pajang (lampung). Dan
sebelum usia 20 tahun saya sudah menjelah benua amerika dan afrika. Menjalani
usia sebelum 30 th saya sudah menapakan kaki di benua eropa (saat usia 21 th)
dan harapan saya sebelum 40 th saya mejelajahi Australia dan Jeddah amin.
Sejak kecil saya terbiasa mandi dan
berenang disungai. Ketika kelas 1 SD saya anak yang tomboy dan kebanyakan teman
saya adalah laki – laki. Sekolah SD saya berada di desa terpencil. Banyak teman
SD saya yang tidak memakai sepatu untuk sekolah. Saya selalu berada dalam
urutan ranking 1,2,3 sejak saya SD
sampai lulus SMA. Kecuali saat kelas V SD, saya pernah ranking 18.hehehe
Mulai dari kecil saya bercita – cita
menjadi seorang dokter. Saya belajar dengan sungguh- sungguh mulai SMP. Saya
mengikuti les bahasa Inggris dan berbagai macam olimpiade biologi. Sejak kecil
saya sudah menyukai bidang biologi dan kedokteran. Saya selalu berjuang keras
untuk mendapatkan apa yang saya inginkan. Saya diajarkan berusaha mandiri oleh
orang tua saya. Sehingga saat saya sekolah saya berjualan berbagai macam makanan.bahkan
sampai kuliahpun saya tetap melakukan hal itu. Mulai dari SMP saya tinggal di
rumah nenek di kota. Saya tinggal bersama nenek dan kakak saya. Nenek saya
sangat keras dan disiplin dalam mendidik.
Memasuki usia SMA saya sempat minder
karena saya sekolah di SMA paling elit di kota ponorogo. Teman- teman saya
banyak yang membawa motor bahkan mobil untuk ke sekolah. Tapi saya hanya
membawa sepeda pancal yang butut. Tak jarang sepeda saya dikerjain oleh teman-
teman SMA saya di parkiran sekolah. Bahkan saya sempat digolongkan dalam geng
bernama “sampah smaza” yang merupakan kumpulan orang – orang yang merasa
diremehkan. Dari sinilah semangat saya lahir kembali karena saat itu saya sudah
putus asa dan kecewa saat saya gugur
dalam seleksi tim debat bahasa Inggris nasional. Saya bingung saat itu
bagaimana saya agar bisa mendapatkan beasiswa untuk membayar SPP. Berbagai
usaha saya lakukan tapi hasilnya nihil. Akhirnya saya bergabung dengan teman –
teman untuk membuat sebuah tim. Teman saya diantaranya Selly, Nila sutra, Lia
paramita, Nami, zulfira dan mbak silvi. Mereka lah orang orang yang membuat saya semangat di sekolah.
Lomba demi lomba kami ikuti. Ketika SMA saya menjadi juara berbagai lomba baik
tingkat sekolah, provinsi, nasional dan Internasional. Saya menjadi juara karya
ilmiah, cerdas cermat dan lain – lain.
Prestasi yang paling membangkan saat
saya SMA adalah ketika saya mendapatkan medali emas dalam lomba karya Ilmiah
science project di Indonesia tahun 2010. Atas prestasi itu, saya mendapatkan
kesempatan menjadi delegasi Indonesia untuk mengikuti kompetisi Interasional
Science project Olympiad di Texas, USA.
Atas izin dan kehendak Allah SWT serta dukungan orang tua saya dapat
berangkat ke USA pada tanggal 10-21 April 2010. Perjuangan yang sangat
mengharukan saat saya harus memperisapkan biaya akomodasi kesana (saat itu saya
harus mencari uang 30 jt dalam waktu 7 hari) untuk dapat kesana. Alhamdulilah
Pemerintah Daerah kabupaten Ponorogo memberikan bantuan pada saya. Saya
berangkat bersama tim hebat sekaligus sahabat terhebat saya Nila Sutra. Saya
membawa nama Indonesia dan berjuang di Amerika. Alhamdulilah mendapatkan medali
Perunggu di bidang Civil Engginering.
Sepulang dari USA saya mendapatkan
beasiswa di jurusan Teknik Sipil di universitas UI, ITB, UGM dan ITS. Sesuai
dengan prestasi yang saya dapatkan dibidang Engineering kemudian direkomdasikan
di faktultas Teknik sipil. Saya kecewa. Karena sejatinya saya ingin menjadi
dokter anak. Saya mengikuti berbagai macam seleksi ujian masuk perguruan tiggi
jurusan kedokteran. Tapi saya tidak diterima. Saya sudah putus asa. Atas saran
Ibu saya, saya mencoba mengambil tes di jurusan Pendidikan Biologi.
Alhamdulilah saya diterima di Fakultas Keguruan di jurusan Pendidikan Biologi
di UNS. Rasanya saat itu saya ingin
marah pada Alah, SPP saya sangat mahal. Orang tua saya bingung mencari hutangan
kesana kemari untuk membayar sekolah saya . Agar saya terus bisa melanjutkan
kuliah saya berjualan makanan sambil kuliah.Saya tidak malu melakukanya. Saya
pernah menjadi asisten dosen utnuk 2 mata kuliah yang berbeda.walaupun IP saya
tidak memuaskan dan juga tidak mendapatkan beasiswa prestasi tapi yang membuat
saya bangga adalah saya berhasil menjadi delegasi universitas untuk melakukan
study visit di Universitas Bergische Germany selama 1 bulan. Saya aktivis di
lingkungan kampus. Kata aktivis bagi saya bukan yang asal – asalan demo di pinggir
jalan. Bagi saya aktivis adalah orang yang “doing something” untuk lingkungan
sekitarnya. Saya aktivis yang tak banyak bicara. Sekarang saya masih berada di
semester VI dan saya akan terus menjadi aktivis
berjuang untuk orang – orang di sekitar saya. Kesemuanya itu akan selalu
saya niati Karena mengharap rahmat Allah SWT. Saya tahu bahwa mati itu datngnya
sewaktu – waktu.
Inilah saya yang benar – benar Allah
ciptakan special. Terima kasih ya Allah J
Saturday, December 29, 2012
Pembacaan Puisi Dora Buat bang Jono
kala malam kelam itu membabi buta..
Tak menyurutkan semangkatku untuk membacakan puisi..
Kala itu malam 17 Agustus tahun 2001 aku membacakan puisi di depan ribuan orang bernyawa dan tidak bernyawa ( dilapangan desa tapi samingnya kuburan soalnyaa)
Aku memaksa ayahku untuk mengganti judul puisi yang sudah ditentukan dari panitia..
judul awalnya "Pahlawanku" dan aku ganti dengan karyaku sendiri dengan judul "tukang sate" aku pikir ini adalah karya emas yang harus dipublikasikan ( saat itu usiaku 9 tahun duduk di kelas 3 SD)
Malam pementasanpun tiba,,,
Aku memaksa ayahku untuk mengganti judul puisi yang sudah ditentukan dari panitia..
judul awalnya "Pahlawanku" dan aku ganti dengan karyaku sendiri dengan judul "tukang sate" aku pikir ini adalah karya emas yang harus dipublikasikan ( saat itu usiaku 9 tahun duduk di kelas 3 SD)
Malam pementasanpun tiba,,,
Ibuku sudah menyiapkan baju ala ala celana doreng doreng tentara dengan rompi rompi mini kotak kotak dan topi koboi tapi pake bunga matahari gedhe di samping kiri..
tapi aku menolak mentah mentaaah sodara.. "TIDAAAKKK OH TIDAAKK IBUU" jangan kau berikan aku baju ala koboi ini..aku tak punya kuda untuk kutunggangi..
akhirnyaaaa,,aku milih baju kodok yang dibelikan bulik ku..nice banget..
Malam pementasanun tiba..
jam 10 malam aku belum juga dipanggil untuk membacakan puisi..aku sudah ngantuk..aku sebel.tapi ibuku terus menyemangatiku ( jewer kuping biar aku nggak ngantuk) hahaha
tapi aku menolak mentah mentaaah sodara.. "TIDAAAKKK OH TIDAAKK IBUU" jangan kau berikan aku baju ala koboi ini..aku tak punya kuda untuk kutunggangi..
akhirnyaaaa,,aku milih baju kodok yang dibelikan bulik ku..nice banget..
Malam pementasanun tiba..
jam 10 malam aku belum juga dipanggil untuk membacakan puisi..aku sudah ngantuk..aku sebel.tapi ibuku terus menyemangatiku ( jewer kuping biar aku nggak ngantuk) hahaha
"Berikutnya, sebuah karya puisi akan dibacakan oleh putra bapak Hadi Soeminto..Ananda Dhora Vasminingtya..dipersilahkan naik ke panggung.." begitu kata pembawa acaranya..
pas naik panggung serasa jet lag,,semua bulu kudukq merinding..ya ampun penontonya ngalah2in fansnya taylor swift (lebay)
aku tak banyak bicara..aku diam..kira kira 5 menit..
semua tepuk tangan..
aku tak banyak bicara..aku diam..kira kira 5 menit..
semua tepuk tangan..
lalu aku baca :
begini..
Tukang Sate buah karya aku dan Ayahku..
Besok aku ingin makan sate
Sate bang Jono yang terkenal itu..
Satenya lalu kumakan dengan cabe..
memang enak sate bang jono itu..
Lusanya aku sakit perut..
ternyata usus buntu..
aku menangis meraung - raung..
aku tak mau lagi makan sate..
aku jengah dengan sate..
aku kapok seribu buaya.
Untungnya itu hanya mimpi..
#sorry man bait terakhir gue lupa...
dan semua tepok tangan dengan puisi absurd gue ini..
#sorry man bait terakhir gue lupa...
dan semua tepok tangan dengan puisi absurd gue ini..
hahahaa..Merdeka merdekaaaa !!
Sunday, December 23, 2012
Thursday, December 6, 2012
30 hari mencari C___ di germany ;)
hari ini hari ke 3 aku kuliah di germany..sumpah ngga tau aku harus bilang apa. rasa seneng gue hari ini nggak bisa diungkapkan dengan kata - kata..semuanya serba surprise,,semuanya serba menyennagkan dan satru lagi semuanya serba membuatku bersSYUKUR pada Allah..bahwa Allah itu bener bener sayaaaang gue,,
nangis iyaa,,seneng iyaaa..( dasar manusia labil) dan nggak galau lagi :O
satu sisi di jerman.,
kelas hari ini dimulai dengan kelas standart experiment learning. aku bergabung dengan anak - anak pendidikan kimia semester 5 disini..we got an experiment and its was so amazing..aku punya teman,,kay,,dario,,claudia,,,mely dan yang lainya..kita ber 16,,sehabis kelas dengan dr. Anne tadi aku semakin yakin bahwa aku harus membenahi sistem pendidikan di Indonesia. minimal aku mulai dengan diri sendiri.
mereka belajar mengajar dan diajar dengan tanpa paksaan..mereka semua sangat bersemangat untuk memulai pembelajaran dan melakukan suatu kegiatan praktikum..
saat kelas praktikum dimulai..mahasiswa yang berada jurusan untuk mengajarkan secara simple materi yang ada dengan praktikum yang sudah mereka lakukan sebelumnya..dalam 1 hari ini,,aku dan teman2 beljar 4 jam untuk praktiku. praktikum hari ini ada 8 jenis praktikum dan semuanya dikerjakan dengan mudah karena mereka sudah menguasaai konsep yang ada secara simple juga,,sehingga 4 jam untuk kegiatan praktikum sebanyak 8 jenis praktikum bukan merupakan sesuatu yang sempit. laporan yang harus mereka buat pun tidak bertele tele seperti kelasku di indonesia. cukup dengan bagaimana konklusionya dan cara kerja yang harus mereka ajarkan pada murid muridnya. jelas itu bukan sesatu yang sulit bagi mereka,,(semoga bagiku juga) setelah itu, mereka akan mengajar dan melakukan praktikum pada murid sma mereka sama dengan apa yang mereka lakukan hari ini..sehingga miss conception itu akan jarang terjadi. pun ada itu tidak terlallu bahaya karena memang praktikumnya enteng..
ELEKROKIMIA DAN ELEKTROFORESIS SEPERTI HARI INI CONTOHNYA;
Pada praktikum ini semua mahasiswa sudah mendapatkan worksheet tentang cara kerja dan data pengamatan serta handbook berisi materi yang relevan..sehingga pas praktikum sebelumnya sih ada penjelasan tentang e nol dsb oleh asisten praktikum..lalu mereka melakukan praktikum tanpa banyak bertanya pada asisten mereka sudah ngerta apa yang harus meereka lakukan..
Saturday, November 17, 2012
monday dovey
Halo semuanya. aku heran tiap hari bisa tiduraan (ya iyalah) kenapa update blog aja
keteteran ya? (sambil bersihin sarang laba-laba dari blog)
Membenci hari Senin menjadi
rutinitas banyak orang sejak dulu. Bahkan Iklan "I love Monday" dari
Clas Mild saja tidak mampu merubah mindset orang-orang. Mungkin kalau
hari Senin bisa ngomong pasti dia udah minta tukeran jadwal sama KPH
(Komisi Pergantian Hari) untuk dituker jadwalnya sama hari Sabtu.
Berikut wawancara kami dengan Hari Senin yang akan menjelaskan isi
hatinya.
Halo Nin,gimana kabarnya?
Gak usah nanya, udah tahukan jawabnya? BURUK sekali.. everyone hates me :(
Oh,maaf mungkin lain kali saja ya wawancaranya?
Gak apa-apa, lanjut aja
Ok, gimana perasaanmu menjadi hari yang dibenci orang-orang?
MENYEDIHKAN!!.. kenapa sih
mereka bisa jahat gitu! Gak ngaruh juga kali ..kalau aku gak ada mereka
juga nanti bakal benci Selasa, kalau Selasa sama Aku gak ada mereka
nanti juga benci hari Rabu! Harusnya yang mereka benci itu mereka
sendiri yang gak bisa move on dari hari Minggu!
Waw, menyentuh sekali jawabanmu..Kamu pasti gak terlalu suka sama si Minggu ya?
BANGET.. Kenapa sih semua orang
pada suka sama dia sampai lupa mandi,lupa bangun,lupa tugas, kerjaan ?
Paling paling orang-orang suka sama aku kalau hari Gajian mereka pas
hari Senin, kalau mahasiswa-mahasiswa itu juga suka sama aku kalau
mereka gak ada kuliah Senin, ada juga sih yang suka sama aku kalau
gebetan mereka sekampus, jadi tiap kuliah masuk semangat deh mereka!
cih.
Eh ini kok bawa-bawa mahasiswa? tapi kuliah pagi waktu hari Senin itu beneran gak enak lho Nin
Yang harus disalahkan itu kampus
atau sistem mereka! Kenapa juga ada kuliah pagi di hari Senin? Udah
tahu gak dosen ga mahasiswa susah move on dari hari Minggu, harusnya
kuliah di hari Senin itu mulai di hari Senin aja.. Oh iya satu lagi!
Upacara buat anak sekolah juga kenapa harus Senin? Mending Jumat atau
kapan gitu kek, selain Senin! Cih.
Sabar-sabar Nin, Oke ada pesan terakhir sebelum wawancara selesai?
Move on lah dari hari Minggu sebelum terlambat!
MarioTega
oke friend,,besok hari minggu.persiapkan senin segala sesuatunya..mulai dri sandal jepit sampe jepit ramput..awas jangan kejepit yak !!
Monday, October 1, 2012
Rumah IkaNku
Percayalah kasih, siapapun engkau nanti. Aku akan merawat
anak2mu dengan baik ^_^
#dalam edisi merawat ikan terlantar
Hwaah,, lama banget nggak nulis cerita lagi. Sampek ni
tangan rasanya tuh kaku banget nyentuh keyboard notebook, mungkin alibinya
jelas karena aku kuliah dijurusan PENDIDIKAN BIOLOGI ( sengaja nih aku
capslock. Tanda “bangga”) yang harus
menulis laporan secara tulis tangan (lagi dan lagi __)
Hari ini tanggal 29 september, dan itu menunjukan kalo “wake
me up when September ends” udah mulai dikumandangkan :D
#sampek sekarang aku ngga ngerti apa sih maksudnya lagu ini,,
#sampek sekarang aku ngga ngerti apa sih maksudnya lagu ini,,
Tp yang jelas, aku percaya kalo September “ceria” begitu
juga aku harap dengan bulan yang lain.
Ehmm, apaya ya rek ya,,aku mau cerita hari ini capeeek tapi sumpah seneng
banget rasanya..pagi hari tuh..dengan kondisi badanku yang nggak fit aku
terpaksa bolos ngaji bacaan di pondok PPM RJ *astagfirlah* lhah ini nggak kuat
mameeen. .
Langsung aku mandi dan berangkat ngampus karena aku hari ini
punya jadwal menytiram di praktikum fistum yang ada di green house rumah
kentang :*
Oiya lupaaah, sbelum itu, aku pergi ke temoat mbah jamu
(baca: dokter specialissku paiing hebat se antah brantah) buat beli jamu
pesenanku..yah lumayanlah biar kuat dan sehat,,pesan ibu juga harus rajin minum
jamu tradisional #tumben patut dicontoh sodara !!
Udah tuh yeh,,balik ke asrama trus makan bubur sama minum jamu
yang pahitnya nggak nahan,,
*glogok glokgokk +____+ harap maklum jawa timmyyyuuuurrr..
Akirnyeee, brangkat ngampus jam 7 tet,,ke rumah kentang dan
ketemu mbak jain,fuad sama pranoto,,ternyata udah disiram semua (banggaaa)
yaudaa,,aku langsung ngampus bareng mereka karena pagi tadi ada ujian ilmu gizi
dan kesehatan (langsung inget makanan) oleh bu meti J
“ eh prant, materinya apa aja to ? aku blm blajar belaaaas “
yoh ngono kuwi aku
“NDJndfjkdhfajbhJI3URBHFERUW3Y54UT23UYH3GFBC” ngonoh kui
jawab pranoto,,
ORA CETHOO !
Ujian berlangsung dan ditungguin sama mas angkatn 08
boyband..yah okelah aku ngga respect,karna kebetulan perutku merong rong ngeri
ngerong rasanyaaa mak !
Habis itu ujian aku langsung cabut gitu aja,,
Ngeprint laporan
Mandiin salju si bento di samping ngoresan
Sambil makan di warung segar>.
Nyaaam nyaam,,
Habis itu kuliah pak slamet..
“begitulah kehidupan jomblo disini pimarsa” (ngenes)
Assyik nya yang ini niiihhhhh____
Karena nanti sore ada kultur jaringan sama angkatan 09,,aku
seneng banget soalnya dosenya tuh lucu,,dan ini mata kuliah emang aku sukaaaa (
no another reason)
Trus trsu sebelum jam itu kan pretest fisiologi tumbuhan..lhah
betenyaa mminta mangaaap,,
Yaudah aku putusin aku mau jalan jalan ke pasar cari rumah
buat ikaaaankuuuuuu
Ikan ikan ku uuuuuuu .. uuuuuuu
Its my crayooon , right ?
*sambil nyanyi song nya G Dragon :D
Tawar menawar dengan banyak penjual aquarium itu menyenangkan
sekaligus menyediahkan,,singkat cerita, aku membeli aquarium oval seharga 65
ribu beserta hiasan dan refrigeratornya..
#alhamdulilah ikan ikanku mendapatkan rumah..
#alhamdulilah ikan ikanku mendapatkan rumah..
Aku punya 3 ikan,jenis ikan emas. Namanya bob
To be continued___
Hari ini 2 oktober,,
ikanku bernama bob mati :D
Thursday, June 7, 2012
menjelang SNMPTN
hahyayy..
nggak kerasa udah mau SNMPTN lagi,,
dan sadarnya aku udah nggak minat nyoba lagi..buat apa ? di biology education udah kempot di semester 4..udah berjenggot masa iya mau mendormansi lagi
Aku emang udah mendeklarasikan kalo cita citaku buat jadi dokter udah GAGAL. Cita – cita yang sejak orok aku impikan sudah memfosil begitu saja semenjak aku menjalani kuliah alay di pendidikan biologi kelas internasional ini (katanya sih gitu).
Flash back cita – cita dijaman orok. Iya sih, Setiap anak gadis di dunia ini pasti punya impian di masa kecilnya. Entah itu jadi dokter, jadi astronot, jadi insinyur, jadi princess, atau bahkan jadi penganten..haha (tiba – tiba gue nggak pingin nikah)__red
So do I. When i was a little girl, i had a dream that someday i would be a doctor.
So do I. When i was a little girl, i had a dream that someday i would be a doctor.
Nggak percaya? Well, silahkan mampir dirumah!lihat ada beberapa bekas mainan yang berbau dokter – dokteran,,atau kalian bisa CHEK (demen banget kalo inget tulisan “check!) di catetan sd-ku kalo aku tim dokter kecil sekolah (senangnya cciiiyyyynnn) yah, walopun nggak seberapa dan terkesan jadi tukang kerok pakek minyak angin setiap upacara senin kalo ada yang pingsan, but i feel satisfied enough. Cukup buat nyalurin obsesi dokter gue yang nggak kesampean. LOL
dokter = tamat
guru dokter = lanjut
itu aja sihh :)
Sunday, May 13, 2012
enzim dan protein
ENZIM DAN PROTEIN
Posted by safnowandi on Februari 17, 2012
Posted in: Uncategorized. Tinggalkan sebuah Komentar
ENZIM
Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi kima organik. Molekul awal yang disebut substrat akan dipercepat perubahannya menjadi molekul lain yang disebut produk. Jenis produk yang akan dihasilkan bergantung pada suatu kondisi/ zat, yang disebut prometer. Semua proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat berlangsung dengan cukup cepat dalam suatu arah lintasan metabolisme yang ditentukan oleh hormon sebagai promoter.
Enzim bekerja dengan cara bereaksi dengan molekul substrat untuk menghasilkan senyawa intermediat melalui suatu reaksi kimia organik yang membutuhkan energi aktivasi lebih rendah, sehingga percepatan reaksi kimia terjadi karena reaksi kimia dengan energi aktivasi lebih tinggi membutuhkan waktu lebih lama. Sebagian besar enzim bekerja secara khas, yang artinya setiap jenis enzim hanya dapat bekerja pada satu macam senyawa atau reaksi kimia. Hal ini disebabkan perbedaan struktur kimia tiap enzim yang bersifat tetap. Sebagai contoh, enzim amilase hanya dapat digunakan pada proses perombakan pati menjadi glukosa.
Kerja enzim dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama adalah substrat, suhu, keasaman, kofaktor dan inhibitor. Tiap enzim memerlukan suhu dan pH (tingkat keasaman) optimum yang berbeda-beda karena enzim adalah protein, yang dapat mengalami perubahan bentuk jika suhu dan keasaman berubah. Di luar suhu atau pH yang sesuai, enzim tidak dapat bekerja secara optimal atau strukturnya akan mengalami kerusakan. Hal ini akan menyebabkan enzim kehilangan fungsinya sama sekali. Kerja enzim juga dipengaruhi oleh molekul lain. Inhibitor adalah molekul yang menurunkan aktivitas enzim, sedangkan aktivator adalah yang meningkatkan aktivitas enzim. Banyak obat dan racun adalah inhibitor enzim.
Struktur dan Mekanisme
Enzim umumnya merupakan protein globular dan ukurannya berkisar dari hanya 62 asam amino pada monomer 4-oksalokrotonat tautomerase, sampai dengan lebih dari 2.500 residu pada asam lemak sintase. Terdapat pula sejumlah kecil katalis RNA, dengan yang paling umum merupakan ribosom. Jenis enzim ini dirujuk sebagai RNA-enzim ataupun ribozim. Aktivitas enzim ditentukan oleh struktur tiga dimensinya (struktur kuaterner). Walaupun struktur enzim menentukan fungsinya, prediksi aktivitas enzim baru yang hanya dilihat dari strukturnya adalah hal yang sangat sulit. Kebanyakan enzim berukuran lebih besar daripada substratnya, tetapi hanya sebagian kecil asam amino enzim (sekitar 3-4 asam amino) yang secara langsung terlibat dalam katalisis. Daerah yang mengandung residu katalitik yang akan mengikat substrat dan kemudian menjalani reaksi ini dikenal sebagai tapak aktif. Enzim juga dapat mengandung tapak yang mengikat kofaktor yang diperlukan untuk katalisis. Beberapa enzim juga memiliki tapak ikat untuk molekul kecil, yang sering kali merupakan produk langsung ataupun tak langsung dari reaksi yang dikatalisasi. Pengikatan ini dapat meningkatkan ataupun menurunkan aktivitas enzim. Dengan demikian ia berfungsi sebagai regulasi umpan balik.
Sama seperti protein-protein lainnya, enzim merupakan rantai asam amino yang melipat. Tiap-tiap urutan asam amino menghasilkan struktur pelipatan dan sifat-sifat kimiawi yang khas. Rantai protein tunggal kadang-kadang dapat berkumpul bersama dan membentuk kompleks protein. Kebanyakan enzim dapat mengalami denaturasi (yakni terbuka dari lipatannya dan menjadi tidak aktif) oleh pemanasan ataupun denaturan kimiawi. Tergantung pada jenis-jenis enzim, denaturasi dapat bersifat reversibel maupun ireversibel.
Kespesifikan
Enzim biasanya sangat spesifik terhadap reaksi yang ia kataliskan maupun terhadap substrat yang terlibat dalam reaksi. Bentuk, muatan dan katakteristik hidrofilik/ hidrofobik enzim dan substrat bertanggung jawab terhadap kespesifikan ini. Enzim juga dapat menunjukkan tingkat stereospesifisitas, regioselektivitas, dan kemoselektivitas yang sangat tinggi. Beberapa enzim yang menunjukkan akurasi dan kespesifikan tertinggi terlibat dalam pengkopian dan pengekspresian genom. Enzim-enzim ini memiliki mekanisme “sistem pengecekan ulang”. Enzim seperti DNA polimerase mengatalisasi reaksi pada langkah pertama dan mengecek apakah produk reaksinya benar pada langkah kedua. Proses dua langkah ini menurunkan laju kesalahan dengan 1 kesalahan untuk setiap 100 juta reaksi pada polimerase mamalia. Mekanisme yang sama juga dapat ditemukan pada RNA polimerase, aminoasil tRNA sintetase dan ribosom.
Beberapa enzim yang menghasilkan metabolit sekunder dikatakan sebagai “tidak pilih-pilih”, yakni bahwa ia dapat bekerja pada berbagai jenis substrat yang berbeda-beda. Diajukan bahwa kespesifikan substrat yang sangat luas ini sangat penting terhadap evolusi lintasan biosintetik yang baru.
Model “kunci dan gembok”
Enzim sangatlah spesifik. Pada tahun 1894, Emil Fischer mengajukan bahwa hal ini dikarenakan baik enzim dan substrat memiliki bentuk geometri yang saling memenuhi. Hal ini sering dirujuk sebagai model “kunci dan gembok”. Manakala model ini menjelaskan kespesifikan enzim, ia gagal dalam menjelaskan stabilisasi keadaan transisi yang dicapai oleh enzim. Model ini telah dibuktikan tidak akurat, dan model ketepatan induksilah yang sekarang paling banyak diterima.
Model ketepatan induksi
Pada tahun 1958, Daniel Koshland mengajukan modifikasi model kunci dan gembok, oleh karena enzim memiliki struktur yang fleksibel, tapak aktif secara terus menerus berubah bentuknya sesuai dengan interaksi antara enzim dan substrat. Akibatnya, substrat tidak berikatan dengan tapak aktif yang kaku. Orientasi rantai samping asam amino berubah sesuai dengan substrat dan mengijinkan enzim untuk menjalankan fungsi katalitiknya. Pada beberapa kasus, misalnya glikosidase, molekul substrat juga berubah sedikit ketika ia memasuki tapak aktif. Tapak aktif akan terus berubah bentuknya sampai substrat terikat secara sepenuhnya, yang mana bentuk akhir dan muatan enzim ditentukan.
Mekanisme
Enzim dapat bekerja dengan beberapa cara:
- Menurunkan energi aktivasi dengan menciptakan suatu lingkungan yang mana keadaan transisi terstabilisasi (contohnya mengubah bentuk substrat menjadi konformasi keadaan transisi ketika ia terikat dengan enzim).
- Menurunkan energi keadaan transisi tanpa mengubah bentuk substrat dengan menciptakan lingkungan yang memiliki distribusi muatan yang berlawanan dengan keadaan transisi.
- Menyediakan lintasan reaksi alternatif. Contohnya bereaksi dengan substrat sementara waktu untuk membentuk kompleks enzim dan substrat.
- Menurunkan perubahan entropi reaksi dengan menggiring substrat bersama pada orientasi yang tepat untuk bereaksi. Menariknya, efek entropi ini melibatkan destabilisasi keadaan dasar, dan kontribusinya terhadap katalis relatif kecil.
Dinamika dan Fungsi
Dinamika internal enzim berhubungan dengan mekanisme katalis enzim tersebut. Dinamika internal enzim adalah pergerakan bagian struktur enzim, misalnya residu asam amino tunggal, sekelompok asam amino, ataupun bahwa keseluruhan domain protein. Pergerakan ini terjadi pada skala waktu yang bervariasi, berkisar dari beberapa femtodetik sampai dengan beberapa detik. Jaringan residu protein di seluruh struktur enzim dapat berkontribusi terhadap katalisis melalui gerak dinamik. Gerakan protein sangat vital, namun apakah vibrasi yang cepat atau lambat maupun pergerakan konformasi yang besar atau kecil yang lebih penting bergantung pada tipe reaksi yang terlibat. Namun, walaupun gerak ini sangat penting dalam hal pengikatan dan pelepasan substrat dan produk, adalah tidak jelas jika gerak ini membantu mempercepat langkah-langkah reaksi enzimatik ini. Penyingkapan ini juga memiliki implikasi yang luas dalam pemahaman efek alosterik dan pengembangan obat baru.
Kofaktor
Beberapa enzim tidak memerlukan komponen tambahan untuk mencapai aktivitas penuhnya. Namun beberapa memerlukan pula molekul non protein yang disebut kofaktor untuk berikatan dengan enzim dan menjadi aktif. Kofaktor dapat berupa zat anorganik (contohnya ion logam) ataupun zat organic (contohnya flavin dan heme). Kofaktor dapat berupa gugus prostetik yang mengikat dengan kuat, ataupun koenzim, yang akan melepaskan diri dari tapak aktif enzim semasa reaksi.
Enzim yang memerlukan kofaktor namun tidak terdapat kofaktor yang terikat dengannya disebut sebagai apoenzim ataupun apoprotein. Apoenzim beserta dengan kofaktornya disebut holoenzim (bentuk aktif). Kebanyakan kofaktor tidak terikat secara kovalen dengan enzim, tetapi terikat dengan kuat. Namun, gugus prostetik organik dapat pula terikat secara kovalen (contohnya tiamina pirofosfat pada enzim piruvat dehidrogenase). Istilah holoenzim juga dapat digunakan untuk merujuk pada enzim yang mengandung subunit protein berganda, seperti DNA polimerase. Pada kasus ini, holoenzim adalah kompleks lengkap yang mengandung seluruh subunit yang diperlukan agar menjadi aktif. Contoh enzim yang mengandung kofaktor adalah karbonat anhidrase, dengan kofaktor seng terikat sebagai bagian dari tapak aktifnya.
Koenzim
Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor gugus kimia atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya. Contoh koenzim mencakup NADH, NADPH dan adenosina trifosfat. Gugus kimiawi yang dibawa mencakup ion hidrida (H–) yang dibawa oleh NAD atau NADP+, gugus asetil yang dibawa oleh koenzim A, formil, metenil, ataupun gugus metil yang dibawa oleh asam folat, dan gugus metil yang dibawa oleh S-adenosilmetionina. Beberapa koenzim seperti riboflavin, tiamina, dan asam folat adalah vitamin. Oleh karena koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim, dapat dikatakan koenzim merupakan substrat yang khusus, ataupun substrat sekunder. Sebagai contoh, sekitar 700 enzim diketahui menggunakan koenzim NADH. Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi dalam sel. Contohnya, NADPH diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat, dan S-adenosilmetionina melalui metionina adenosiltransferase.
Termodinamika
Substrat memerlukan energi yang banyak untuk mencapai keadaan transisi, yang akan kemudian berubah menjadi produk. Enzim menstabilisasi keadaan transisi, menurunkan energi yang diperlukan untuk menjadi produk. Sebagai katalis, enzim tidak mengubah posisi kesetimbangan reaksi kimia. Biasanya reaksi akan berjalan ke arah yang sama dengan reaksi tanpa katalis. Perbedaannya adalah, reaksi enzimatik berjalan lebih cepat. Namun, tanpa keberadaan enzim, reaksi samping yang memungkinkan dapat terjadi dan menghasilkan produk yang berbeda. Lebih lanjut, enzim dapat menggabungkan dua atau lebih reaksi, sehingga reaksi yang difavoritkan secara termodinamik dapat digunakan untuk mendorong reaksi yang tidak difavoritkan secara termodinamik. Sebagai contoh, hidrolisis ATP seringkali menggunakan reaksi kimia lainnya untuk mendorong reaksi.
Enzim mengatalisasi reaksi maju dan balik secara seimbang. Enzim tidak mengubah kesetimbangan reaksi itu sendiri, namun hanya mempercepat reaksi saja. Sebagai contoh, karbonat anhidrase mengatalisasi reaksinya ke dua arah bergantung pada konsentrasi reaktan.
(dalam jaringan tubuh; konsentrasi CO2 yang tinggi)
(pada paru-paru; konsentrasi CO2 yang rendah)
Walaupun demikian, jika kesetimbangan tersebut sangat memfavoritkan satu arah reaksi, yakni reaksi yang sangat eksergonik, reaksi itu akan menjadi ireversible. Pada kondisi demikian, enzim akan hanya mengatalisasi reaksi yang diijinkan secara termodinamik.
Kinetika
Mekanisme reaksi enzimatik untuk sebuah subtrat tunggal.
Enzim (E) mengikat substrat (S) dan menghasilkan produk (P). Kinetika enzim menginvestigasi bagaimana enzim mengikat substrat dengan mengubahnya menjadi produk. Pada tahun 1902, Victor Henri mengajukan suatu teori kinetika enzim yang kuantitatif, namun data eksperimennya tidak berguna karena perhatian pada konsentrasi ion hidrogen pada saat itu masih belum dititikberatkan. Setelah Peter Lauritz Sorensen menentukan skala pH logaritmik dan memperkenalkan konsep penyanggaan (buffering) pada tahun 1909, kimiawan Jerman Leonor Michaelis dan murid bimbingan pascadokotoralnya yang berasal dari Kanada, Maud Leonora Menten, mengulangi eksperimen Henri dan mengkonfirmasi persamaan Henri. Persamaan ini kemudian dikenal dengan nama “Kinetika Henri-Michaelis-Menten” (kadang-kadang juga hanya disebut kinetika Michaelis-Menten). Hasil kerja mereka kemudian dikembangkan lebih jauh oleh G.E. Briggs dan J.B.S. Haldane. Penurunan persamaan kinetika yang diturunkan mereka masih digunakan secara meluas sampai sekarang .
Salah satu kontribusi utama Henri pada kinetika enzim adalah memandang reaksi enzim sebagai dua tahapan. Pada tahap pertama, subtrat terikat ke enzim secara reversible, membentuk kompleks enzim-substrat. Kompleks ini kadang-kadang disebut sebagai kompleks Michaelis. Enzim kemudian mengatalisasi reaksi kimia dan melepaskan produk.
Enzim dapat mengatalisasi reaksi dengan kelajuan mencapai jutaan reaksi per detik. Sebagai contoh, tanpa keberadaan enzim, reaksi yang dikatalisasi oleh enzim orotidina 5-fosfat dekarboksilase akan memerlukan waktu 78 juta tahun untuk mengubah 50% substrat menjadi produk. Namun, apabila enzim tersebut ditambahkan, proses ini hanya memerlukan waktu 25 milidetik. Laju reaksi bergantung pada kondisi larutan dan konsentrasi substrat. Kondisi-kondisi yang menyebabkan denaturasi protein seperti temperatur tinggi, konsentrasi garam yang tinggi, dan nilai pH yang terlalu tinggi atau terlalu rendah akan menghilangkan aktivitas enzim. Sedangkan peningkatan konsentrasi substrat cenderung meningkatkan aktivitasnya.
Untuk menentukan kelajuan maksimum suatu reaksi enzimatik, konsentrasi substrat ditingkatkan sampai laju pembentukan produk yang terpantau menjadi konstan. Hal ini ditunjukkan oleh kurva kejenuhan di samping. Kejenuhan terjadi karena seiring dengan meningkatnya konsentrasi substrat, semakin banyak enzim bebas yang diubah menjadi kompleks substrat-enzim ES. Pada kelajuan yang maksimum (Vmax), semua tapak aktif enzim akan berikatan dengan substrat, dan jumlah kompleks ES adalah sama dengan jumlah total enzim yang ada. Namun, Vmax hanyalah salah satu konstanta kinetika enzim. Jumlah substrat yang diperlukan untuk mencapai nilai kelajuan reaksi tertentu jugalah penting. Hal ini diekspresikan oleh konstanta Michaelis-Menten (Km), yang merupakan konsentrasi substrat yang diperlukan oleh suatu enzim untuk mencapai setengah kelajuan maksimumnya. Setiap enzim memiliki nilai Km yang berbeda-beda untuk suatu subtrat, dan ini dapat menunjukkan seberapa kuatnya pengikatan substrat ke enzim. Konstanta lainnya yang juga berguna adalah kcat, yang merupakan jumlah molekul substrat yang dapat ditangani oleh satu tapak aktif per detik.
Kinetika Michaelis-Menten bergantung pada hokum aksi massa, yang diturunkan berdasarkan asumsi difusi bebas dan pertumbukan acak yang didorong secara termodinamik. Namun, banyak proses-proses biokimia dan selular yang menyimpang dari kondisi ideal ini, disebabkan oleh kesesakan makromolekuler (macromolecular crowding), perpisahan fase enzim/ substrat/ produk, dan pergerakan molekul secara satu atau dua dimensi. Pada situasi seperti ini, kinetika Michaelis-Menten fractal dapat diterapkan.
Fungsi biologis
Enzim mempunyai berbagai fungsi bioligis dalam tubuh organisme hidup. Enzim berperan dalam transduksi signal dan regulasi sel, seringkali melalui enzim kinase dan fosfatase. Enzim juga berperan dalam menghasilkan pergerakan tubuh, dengan miosin menghidrolisis ATP untuk menghasilkan kontraksi otot ATPase lainnya dalam membran sel umumnya adalah pompa ion yang terlibat dalam transpor aktif. Enzim juga terlibat dalam fungs-fungsi yang khas, seperti lusiferase yang menghasilkan cahaya pada kunang-kunang. Virus juga mengandung enzim yang dapat menyerang sel, misalnya HIV integrase dan transcriptase balik.
Salah satu fungsi penting enzim adalah pada sistem pencernaan hewan. Enzim seperti amilase dan protease memecah molekul yang besar (seperti pati dan protein) menjadi molekul yang kecil, sehingga dapat diserap oleh usus. Molekul pati, sebagai contohnya, terlalu besar untuk diserap oleh usus, namun enzim akan menghidrolisis rantai pati menjadi molekul kecil seperti maltosa, yang akan dihidrolisis lebih jauh menjadi glukosa, sehingga dapat diserap. Enzim-enzim yang berbeda, mencerna zat-zat makanan yang berbeda pula. Pada hewan pemamah biak, mikroorganisme dalam perut hewan tersebut menghasilkan enzim selulase yang dapat mengurai sel dinding selulosa tanaman.
Beberapa enzim dapat bekerja bersama dalam urutan tertentu, dan menghasilan lintasan metabolisme. Dalam lintasan metabolisme, satu enzim akan membawa produk enzim lainnya sebagai substrat. Setelah reaksi katalitik terjadi, produk kemudian dihantarkan ke enzim lainnya. Kadang-kadang lebih dari satu enzim dapat mengatalisasi reaksi yang sama secara bersamaan. Enzim menentukan langkah-langkah apa saja yang terjadi dalam lintasan metabolisme ini. Tanpa enzim, metabolisme tidak akan berjalan melalui langkah yang teratur ataupun tidak akan berjalan dengan cukup cepat untuk memenuhi kebutuhan sel. Dan sebenarnya, lintasan metabolisme seperti glikolisis tidak akan dapat terjadi tanpa enzim. Glukosa, contohnya, dapat bereaksi secara langsung dengan ATP, dan menjadi terfosforliasi pada karbon-karbonnya secara acak. Tanpa keberadaan enzim, proses ini berjalan dengan sangat lambat. Namun, jika heksokinase ditambahkan, reaksi ini tetap berjalan, namun fosforilasi pada karbon 6 akan terjadi dengan sangat cepat, demikian juga produk glukosa-6-fosfat ditemukan sebagai produk utama. Oleh karena itu, jaringan lintasan metabolisme dalam tiap-tiap sel bergantung pada kumpulan enzim fungsional yang terdapat dalam sel tersebut.
Kontrol aktivitas
Terdapat lima cara utama aktivitas enzim dikontrol dalam sel yaitu:
- Produksi enzim (transkripsi dan translasi gen enzim) dapat ditingkatkan atau diturunkan bergantung pada respon sel terhadap perubahan lingkungan. Bentuk regulase gen ini disebut induksi dan inhibisi enzim. Sebagai contohnya, bakteri dapat menjadi resistan terhadap antibiotik seperti penisilin karena enzim yang disebut beta-laktamase menginduksi hidrolisis cincin beta-laktam penisilin. Contoh lainnya adalah enzim dalam hati yang disebut sitokrom P450 oksidase yang penting dalam metabolisme obat. Induksi atau inhibisi enzim ini dapat mengakibatkan interaksi obat.
- Enzim dapat dikompartemenkan, dengan lintasan metabolisme yang berbeda-beda yang terjadi dalam kompartemen sel yang berbeda. Sebagai contoh, asam lemak disintesis oleh sekelompok enzim dalam sitosol, retikulum endoplasma, dan aparat golgi, dan digunakan oleh sekelompok enzim lainnya sebagai sumber energi dalam mitokondria melalui oksidasi.
- Enzim dapat diregulasi oleh inhibitor dan aktivator. Contohnya, produk akhir lintasan metabolisme seringkali merupakan inhibitor enzim pertama yang terlibat dalam lintasan metabolisme, sehingga ia dapat meregulasi jumlah produk akhir lintasan metabolisme tersebut. Mekanisme regulasi seperti ini disebut umpan balik negatif karena jumlah produk akhir diatur oleh konsentrasi produk itu sendiri. Mekanisme umpan balik negatif dapat secara efektif mengatur laju sintesis zat antara metabolit tergantung pada kebutuhan sel. Hal ini membantu alokasi bahan zat dan energi secara ekonomis dan menghindari pembuatan produk akhir yang berlebihan. Kontrol aksi enzimatik membantu menjaga homeostatis organisme hidup.
- Enzim dapat diregulasi melalui modifikasi pasca-translasional. Ia dapat meliputi fosforilasi, miristoilasi, dan glikosilasi. Contohnya, sebagai respon terhadap insulin, fosforilasi banyak enzim termasuk glikogen sintase membantu mengontrol sintesis ataupun degradasi glikogen dan mengijinkan sel merespon terhadap perubahan kadar gula dalam darah. Contoh lain modifikasi pasca-translasional adalah pembelahan rantai polipeptida. Kimotripsin yang merupakan protease pencernaan diproduksi dalam keadaan tidak aktif sebagai kimotripsinogen di pankreas. Ia kemudian ditranspor ke dalam perut di mana ia diaktivasi. Hal ini menghalangi enzim mencerna pankreas dan jaringan lainnya sebelum ia memasuki perut. Jenis prekursor tak aktif ini dikenal sebagai zimogen.
- Beberapa enzim dapat menjadi aktif ketika berada pada lingkungan yang berbeda. Contohnya, hemaglutinin pada virus influenza menjadi aktif dikarenakan kondisi asam lingkungan. Hal ini terjadi ketika virus terbawa ke dalam sel inang dan memasuki lisosom.
PROTEIN
Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti “yang paling utama”) adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadangkala sulfur serta fosfor. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.
Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang membentuk batang dan sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam transportasi hara. Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof). Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain poliskarida, lipid, dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu, protein merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia. Protein ditemukan oleh Jons Jakob berzelius pada tahun 1838.
Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik yang dibawa DNA ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi translasi yang dilakukan ribosom. Sampai tahap ini, protein masih “mentah”, hanya tersusun dari asam amino proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki fungsi penuh secara biologi.
Struktur
Protein ini memiliki banyak struktur sekunder beta-sheet dan alpha-helix yang sangat pendek. Model dibuat dengan menggunakan koordinat dari Bank Data Protein (nomor 1EDH). Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer (tingkat satu), sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat empat):
- Struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Frederick Sanger merupakan ilmuwan yang berjasa dengan temuan metode penentuan deret asam amino pada protein, dengan penggunaan beberapa enzim protease yang mengiris ikatan antara asam amino tertentu, menjadi fragmen peptida yang lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan bantuan kertas kromatografik. Urutan asam amino menentukan fungsi protein, pada tahun 1957, Vernon Ingram menemukan bahwa translokasi asam amino akan mengubah fungsi protein, dan lebih lanjut memicu mutasi genetik.
- Struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya ialah sebagai berikut:
- Alpha helix (α-helix, “puntiran-alfa”), berupa pilinan rantai asam-asam amino berbentuk seperti spiral;
- Beta-sheet (β-sheet, “lempeng-beta”), berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-H);
- Beta-turn, (β-turn, “lekukan-beta”); dan
- Gamma-turn, (γ-turn, “lekukan-gamma”).
- Struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder. Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener.
- Contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.
Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode: (1) hidrolisis protein dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam amino ditentukan dengan instrumen amino acid analyzer, (2) analisis sekuens dari ujung-N dengan menggunakan degradasi Edman, (3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri massa, dan (4) penentuan massa molekular dengan spektrometri massa. Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular dichroism (CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD dari puntiran alfa menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng beta menunjukkan satu puncak negatif sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi struktur sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari spektrum CD. Pada spektrum FTIR, pita amida-I dari puntiran alfa berbeda dibandingkan dengan pita amida-I dari lempeng beta. Jadi, komposisi struktur sekunder dari protein juga bisa diestimasi dari spektrum inframerah.
Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri dari 40-350 asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada protein yang lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan rantai polipeptida yang berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda dengan komponen penyusunnya. Bila struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Inilah yang membedakan struktur domain dengan struktur kuartener. Pada struktur kuartener, setelah struktur kompleksnya berpisah, protein tersebut tidak fungsional.
Kekurangan Protein
Protein sendiri mempunyai banyak sekali fungsi di tubuh kita. Pada dasarnya protein menunjang keberadaan setiap sel tubuh, proses kekebalan tubuh. Setiap orang dewasa harus sedikitnya mengonsumsi 1 g protein per kg berat tubuhnya. Kebutuhan akan protein bertambah pada perempuan yang mengandung dan atlet-atlet.
Kekurangan Protein bisa berakibat fatal:
- Kerontokan rambut (rambut terdiri dari 97-100% dari Protein Keratin)
- Yang paling buruk ada yang disebut dengan Kwasiorkor, penyakit kekurangan protein. Biasanya pada anak-anak kecil yang menderitanya, dapat dilihat dari yang namanya busung lapar, yang disebabkan oleh filtrasi air di dalam pembuluh darah sehingga menimbulkan odem.Simptom yang lain dapat dikenali adalah:
- hipotonus
- gangguan pertumbuhan
- hati lemak
- Kekurangan yang terus menerus menyebabkan marasmus dan berkibat kematian.
Sintese Protein
Dari makanan kita memperoleh Protein. Di sistem pencernaan protein akan diuraikan menjadi peptid-peptid yang strukturnya lebih sederhana terdiri dari asam amino. Hal ini dilakukan dengan bantuan enzim. Tubuh manusia memerlukan 9 asam amino. Artinya kesembilan asam amino ini tidak dapat disintesa sendiri oleh tubuh esensiil, sedangkan sebagian asam amino dapat disintesa sendiri atau tidak esensiil oleh tubuh. Keseluruhan berjumlah 21 asam amino. Setelah penyerapan di usus maka akan diberikan ke darah. Darah membawa asam amino itu ke setiap sel tubuh. Kode untuk asam amino tidak esensiil dapat disintesa oleh DNA. Ini disebut dengan DNA transkripsi. Kemudian karena hasil transkripsi di proses lebih lanjut di ribosom atau retikulum endoplasma, disebut sebagai translasi.
Sumber Protein
- Daging
- Ikan
- Telur
- Susu, dan produk sejenis Quark
- Tumbuhan berbiji
- Suku polong-polongan
- Kentang
Studi dari Biokimiawan USA Thomas Osborne Lafayete Mendel, Profesor untuk biokimia di Yale, 1914, mengujicobakan protein konsumsi dari daging dan tumbuhan kepada kelinci. Satu grup kelinci-kelinci tersebut diberikan makanan protein hewani, sedangkan grup yang lain diberikan protein nabati. Dari eksperimennya didapati bahwa kelinci yang memperoleh protein hewani lebih cepat bertambah beratnya dari kelinci yang memperoleh protein nabati. Kemudian studi selanjutnya, oleh McCay dari Universitas Berkeley menunjukkan how to get a six pack in a week bahwa kelinci yang memperoleh protein nabati, lebih sehat dan hidup dua kali lebih lama.
Keuntungan Protein
- Sumber energi
- Pembetukan dan perbaikan sel dan jaringan
- Sebagai sintesis hormon,enzim, dan antibodi
- Pengatur keseimbangan kadar asam basa dalam sel.
Fungsi Protein
Fungsi protein di dalam tubuh kita sangat banyak, bahkan banyak dari proses pertumbuhan tubuh manusia dipengaruhi oleh protein yang terkandung di dalam tubuh kita. Sebagai enzim hampir semua reaksi biologis dipercepat atau dibantu oleh suatu senyawa makromolekul spesifik yang disebut enzim, dari reaksi yang sangat sederhana seperti reaksi transportasi karbon dioksida sampai yang sangat rumit seperti replikasi kromosom. Protein besar peranannya terhadap perubahan-perubahan kimia dalam sistem biologis. Alat pengangkut dan penyimpan banyak molekul dengan MB kecil serta beberapa ion dapat diangkut atau dipindahkan oleh protein-protein tertentu. Misalnya hemoglobin mengangkut oksigen dalam eritrosit, sedangkan mioglobin mengangkut oksigen dalam otot. Pengatur pergerakan Protein merupakan komponen utama daging, gerakan otot terjadi karena adanya dua molekul protein yang saling bergeseran.
Penunjang mekanis kekuatan dan daya tahan robek kulit dan tulang disebabkan adanya kolagen, suatu protein berbentuk bulat panjang dan mudah membentuk serabut. Pertahanan tubuh atau imunisasi pertahanan tubuh biasanya dalam bentuk antibodi, yaitu suatu protein khusus yang dapat mengenal dan menempel atau mengikat benda-benda asing yang masuk ke dalam tubuh seperti virus, bakteri, dan sel- sel asing lain. Media perambatan impuls syaraf
protein yang mempunyai fungsi ini biasanya berbentuk reseptor, misalnya rodopsin, suatu protein yang bertindak sebagai reseptor penerima warna atau cahaya pada sel-sel mata. Pengendalian pertumbuhan protein ini bekerja sebagai reseptor (dalam bakteri) yang dapat mempengaruhi fungsi bagian-bagian DNA yang mengatur sifat dan karakter bahan.
protein yang mempunyai fungsi ini biasanya berbentuk reseptor, misalnya rodopsin, suatu protein yang bertindak sebagai reseptor penerima warna atau cahaya pada sel-sel mata. Pengendalian pertumbuhan protein ini bekerja sebagai reseptor (dalam bakteri) yang dapat mempengaruhi fungsi bagian-bagian DNA yang mengatur sifat dan karakter bahan.
Langkah-langkah Proses Sintesis Protein
Secara garis besar, ADN sebagai bahan genetis mengendalikan sifat individu melalui proses sintesis protein. Ada dua kelompok protein yang dibuat ADN, yaitu protein struktural dan protein katalis. Protein struktural akan membentuk sel, jaringan, dan organ hingga penampakan fisik suatu individu. Inilah yang menyebabkan ciri fisik tiap orang berbeda satu sama lain. Protein katalis akan membentuk enzim dan hormon yang berpengaruh besar terhadap proses metabolisme, dan akhirnya berpengaruh terhadap sifat psikis, emosi, kepribadian, atau kecerdasan seseorang.
Proses sintesis protein dapat dibedakan menjadi dua tahap. Tahap pertama adalah transkripsi yaitu pencetakan ARNd oleh ADN yang berlangsung di dalam inti sel. ARNd inilah yang akan membawa kode genetik dari ADN. Tahap kedua adalah translasi yaitu penerjemahan kode genetik yang dibawa ARNd oleh ARNt.
1. Transkripsi
Langkah transkripsi berlangsung sebagai berikut:
Langkah transkripsi berlangsung sebagai berikut:
- Sebagian rantai ADN membuka, kemudian disusul oleh pembentukan rantai ARNd. Rantai ADN yang mencetak ARNd disebut rantai sense/template. Pasangan rantai sense yang tidak mencetak ARNd disebut rantai antisense.
- Pada rantai sense ADN didapati pasangan tiga basa nitrogen (triplet) yang disebut kodogen. Triplet ini akan mencetak triplet pada rantai ARNd yang disebut kodon. Kodon inilah yang disebut “kode genetika” yang berfungsi mengkodekan jenis asam amino tertentu yang diperlukan dalam sintesis protein. Selanjutnya boleh dikatakan bahwa ARNd atau kodon itulah yang merupakan kode genetika. Lihat daftar kodon dan asam amino yang dikodekannya di bawah ini.
- Setelah terbentuk, ARNd keluar dari inti sel melalui pori-pori membran inti menuju ke ribosom dalam sitoplasma.
Untuk setiap satu molekul protein yang dibentuk akan selalu dimulai dengan kodon inisiasi atau kodon start yaitu AUG yang mengkodekan asam amino metionin. Jika satu molekul protein telah terbentuk akan selalu diakhiri dengan tanda berupa kodon stop atau kodon terminasi, yaitu UGA, UAA, atau UAG (lihat daftar di atas).
2. Translasi
ARNt memiliki triplet yang merupakan pasangan kodon dan disebut antikodon. Setiap ARNt hanya dapat mengikat satu jenis asam amino sesuai yang dikodekan oleh kodon. Jadi dalam translasi terjadi penerjemahan kode genetik yang dibawa ARNd (kodon) oleh ARNt (antikodon) dengan cara ARNt mengikat satu asam amino yang sesuai.
ARNt memiliki triplet yang merupakan pasangan kodon dan disebut antikodon. Setiap ARNt hanya dapat mengikat satu jenis asam amino sesuai yang dikodekan oleh kodon. Jadi dalam translasi terjadi penerjemahan kode genetik yang dibawa ARNd (kodon) oleh ARNt (antikodon) dengan cara ARNt mengikat satu asam amino yang sesuai.
Setelah ARNd keluar dari dalam inti, selanjutnya ia bergabung dengan ribosom dalam sitoplasma. Langkah berikutnya adalah penerjemahan kode genetik (kodon) yang dilakukan oleh ARNt. Caranya, ARNt akan mengikat asam amino tertentu sesuai yang dikodekan oleh kodon, lalu membawa asam amino tersebut dan bergabung dengan ARNd yang telah ada di ribosom. Langkah tersebut dilakukan secara bergantian oleh banyak ARNt yang masing-masing mengikat satu jenis asam amino yang lain. Setelah asam amino dibawa ARNt bergabung dengan ARNd di ribosom, selanjutnya akan terjadi ikatan antar asam amino membentuk polipeptida. Protein akan terbentuk setelah berlangsung proses polimerisasi.
Subscribe to:
Posts (Atom)